冒險伊始
一開始，我們要先選男女主角。上次玩水晶時我玩女，這次當然玩男啦。(“玩女”？“玩男”？……MelonGx：不要想歪瞭~~~！)
進入遊戲時，發現你在一輛卡車上。下車時媽媽告訴你，你們全傢剛搬到這個ミシロ鎮，叫你上去2F整理房間。在房間的電子鐘處可以調整時間。下樓時，媽媽叫你看電視專訪，得知オダマキ博士就住在這兒。GO GO GO！
去研究所，博士不在；去博士傢，也不在。上博士傢的2F，發現博士女兒(就是副主角)在玩電腦。對話後她離開。全鎮都找不到博士，惟有往上走至R-101(就是Route 101，以下全用R-XXX表示)。果然在此！隻見博士被隻No.010(ポチエナ)追住不放，包都丟在一邊(好廢的博士……汗)。上前拾起包，掉出三個精靈球——3揀1啦！！！
No.001 キモリ 草系
No.004 アチャモ 火系
No.007 ミズゴロウ 水系
我選的是草系。真是好運氣，被我遇到隻閃光的^^但個體值實在不理想……[10][10][10][10](攻/防/速/特)
註：如果玩女的話，副主角會是博士兒子，而且你的傢位置跟博士傢調換。
戰勝那隻No.010後，博士帶你回研究所，並給你剛才選的那隻PM。然後博士叫你去R-103找副主角。從研究所出來之後，一直往上走，走過R-101和コトキ鎮，來到R-103。找到副主角後和她單挑(她的PM總是克你的那隻)，戰勝後她離開。回研究所請賞吧！回到研究所，從博士那兒得到圖鑒。
註：Rubby和Sapphire的圖鑒經過重新編號，新舊PM混雜在一起。
離開研究所，開始真正的旅程。出鎮之前媽媽會給你跑步鞋(按B時在大地圖走路速度×2)。到達コトキ鎮後左行，進入R-102，打敗眾Trainer後來到トウカ市。
PC裡有人叫你給他寫Trainer Profile(事實上是一句標語)。去GYM，卻見一個叫ミツル的小鬼拉你去捉No.029。回來後，館主(事實上是你老爸^^)叫你集齊4個Badge才找他——KAO！向左出城吧(進入R-104)。
在R-104見到一無人小屋，旁邊有座橋，橋下有艘遊艇。有什麼用呢？暫時Unknown。往上走就是トウカ森林。
森林裡，有位老兄(日文忘記瞭，暫且稱為AAA)正在找No.034，突然熔巖(マグマ)兵團的人出現，並跟你單挑。戰勝後從AAA手上得到SUPER BALL。繼續走，發現北邊是Exit，東面卻被2棵樹擋住(劈樹機器呀，你在哪裡？)……出去再說吧。
註：Sapphire版是水(アクア)兵團的人。
出去後還是R-104。跟左邊的人對話能得到TM09，去左上角花店能得到ホエルコ噴壺和一顆樹果。往上走過橋，去右邊找老婆婆又能得到一顆樹果。再往上就來到カナズミ市。
進入カナズミ市，首先去左下角大屋2F得Premium Ball(一個紀念品Ball，捉PM效果應該相當於SUPER BALL——有待驗證)；再去中間的PM學校拿先制之爪(せんせいのツメ)，還能看各種異常狀態的介紹；然後去Pokemon Center左邊的小屋拿HM01(終於可以劈樹啦！但是還要拿徽章……)；最後呢——當然是去GYM(巖系)暴挑一頓，OVER！